Dalam rangka memenuhi tuntutan perkembangan ilmu pengetahuan, organisasi pembelajaran (learning organization), serta proses integrasi antara ilmu agama dengan ilmu lain dalam peningkatan kualitas manajemen pendidikan Islam dan kualitas sumber daya manusia, dan untuk memberi kesempatan belajar kepada masyarakat untuk mengikuti jenjang pendidikan Magister (S2) dalam bidang ilmu Pendidikan Islam, maka Universitas Islam Negeri Raden Fatah Palembang yang pada saat itu bernana IAIN Raden Fatah membuka Program Pascasarjana (S2). Pembukaan Program Pascasarjana ini secara resmi ditandai dengan keluarnya Surat Keputusan Dirjen Binbaga Islam nomor: E/175/2000 tentang Penyelenggaraan Program Pascasarjana Magister Agama (S2) IAIN Raden Fatah. Program studi yang akan diselenggarakan, yaitu program studi Ilmu Pendidikan Islam dengan tiga konsentrasi keahlian meliputi Pemikiran, Metodologi dan Manajemen.
Program Studi Magister Manajemen Pendidikan Islam (S2) yang dikembangkan di Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (FITK) UIN Raden Fatah Palembang saat ini pada awalnya merupakan salah satu konsentrasi dari Program Studi Ilmu Pendidikan Islam pada Program Pascasarjana. Dalam Perkembangan selanjutnya, pada tahun 2013, melalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 2255, tanggal 19 Agustus Tahun 2013, program studi (S2) pada Program Pascasarjana IAIN Raden Fatah mengalami perubahan. Konsentrasi Manajemen Pendididikan Islam pada Program Studi Ilmu Pendidikan Islam tersebut dikembangkan menjadi satu program studi tersendiri dengan gelar M.Pd.I dan sampai saat ini telah meluluskan belasan angkatan.
Kehadiran Program Magister Manajemen Pendidikan Islam (S2) didorong semangat untuk merespon perkembangan IPTEK dan tuntutan kebutuhan masayarakat global yang mempersyaratkan pentingnya manajemen profesional dalam pengelolaan lembaga pendidikan. Kehadiran program ini juga untuk mengatasi salah satu masalah mendasar yang dihadapi oleh lembaga pendidikan Islam yaitu lemahnya sistem manajemen pendidikan Islam. Banyak lembagalembaga pendidikan yang berkembang di dunia Islam dan khususnya di Indonesia, belum terurus dengan baik dan bahkan tertinggal jauh disbanding dengan lembagalembaga pendidikan lainya dikarenakan lemahnya sistem manajemen dan pengelolaan sumberdaya manusia maupun sumberdaya lainya yang kurang profesional dalam pengelolaan pendidikan Islam. Karena itu, program ini sangat strategis dan dibutuhkan dalam upaya peningkatan mutu sumber daya manusia dan pengembangan kelembagaan pendidikan Islam yang profesional, responsif, serta mampu berkompetisi dan berkolaborasi dalam masyarakat global.
Dalam perkembangan selanjutnya, sebagaimana diatur dalam statute UIN Raden Fatah Palembang bahwa Program Magister (S2) pada Program Pascasarjana yang memiliki Program Sarjana yang linier diharuskan untuk kembali ke fakultas. Oleh karena itu berdasarkan Surat Keputusan Rektor UIN Raden Fatah Palembang No. 275 tahun 2014 tertanggal 26 Mei 2014 tentang Pengalihan/ Pemindahan Penyelenggaraan dan Pengelolaan Pendidikan Program Magister (S2) dari Program Pascasarjana UIN Raden Fatah ke Fakultas, maka sejak tanggal tersebut Program Magister yang linear dengan S-1 di Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan yaitu Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) dan Manajemen Pendidikan Islam (MPI) mulai beralih Pengelolaannya di Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Raden Fatah Palembang.